曾经，一个高度发达的先进种族Ancient以地球为基地，几百万年前，不知什么原因，他们离开地球去了某地，在南极只留下一个前哨站。在Jack O'Neill将军用前哨站的一种Ancient武器消灭前来攻击地区的Goa'uld人的舰队之後，各国合作建立了南极联盟，为研究前哨站里的Ancient科技、促进国际合作与和平而共同努力。在研究过程中，他们发现了Ancient离开地球后所去的地方——飞马座星系。于是，为了发掘被埋没的历史、探索未知的世界，各国组建了亚特兰蒂斯探险团队，通过星际之门到达了几百万年前从地球飞走的亚特兰蒂斯城。
但不幸的是，地球人的到来惊醒了一群统治飞马座星系的怪物——Wraith，他们技术先进、体格健壮，性情粗野残暴，不讲信义，而且以人类为牲畜，吸人生命。一万年前他们打败了Ancient并迫使其逃回地球，而探险队也发现了一个惊人的事实：Wraith是Ancient试验的产物！为了对抗强大的Wraith，亚特兰蒂斯的小分队不得不探索飞马座星系诸星球，与飞马的原住民联系，试图找到抵御Wraith的方法，经历了一次次险象环生的旅程。
【PS】
《星际之门：亚特兰蒂斯》（英文Stargate Atlantis，简称SGA）是作为Stargate SG-1的一个衍生剧集开始的。SG-1本准备继续它的第7季和第二个故事片，但是当SG-1的第8季时，预定的电影变成了2集的季末终结篇"Lost City",Stargate Atlantis的设定也被移到了飞马星系。[10] 这样就可以让这两个节目在同一个虚构宇宙中并存，之后这两个节目甚至开始互相连接，基本上实现了观众想同时看两个节目的愿望。这个节目是由大多数的SG-1原班人马在同一个摄影棚里制作的。
Atlantis于2004年7月16日在（美国）Sci-Fi（科幻）频道初次上演，由en:Joe Flanigan和en:Torri Higginson主演，Rainbow Sun Francks、en:David Hewlett和en:Rachel Luttrell为配角。Hewlett与Higginson先前在SG-1中有角色。在Atlantis的第二季中，en:Paul McGillion和en:Jason Momoa（代替Francks）加入了常规演员的行列。该剧集已在第五季完结。
杰瑞·宋飞 Larry David Ricky Gervais Brian Regan 亚历克·鲍德温 Joel Hodgson Bob Einstein Barry Marder 马里奥·乔纳 Colin Quinn Mel Brooks Carl Reiner Barry Katz 迈克尔·理查兹
Christopher Meloni 达恩·弗洛莱克 Richard Belzer Diane Neal Ice-T B.D. Wong Tamara Tunie Dann Florek
萨拉·莫滕森 Sara Mortensen 罗拉·德瓦瑞 Lola Dewaere 米夏埃尔·科恩 卡蜜儿·德·帕兹 布鲁诺·沃尔科维奇 塞尔日·费拉德 萝拉·勒兰恩 范蕾丽尔·卡帕里斯基 丽露·弗格利 奥利维亚·波纳梅 伊凡·弗拉内克 佛洛伦丝·托马辛 菲利普·杜克斯纳 泽维尔·马修 奥利维尔·雷堡汀 尼可拉斯·旺克奇基